MERGE

MERGE テーブルの中で、いくつものMyISAMフィーチャーを利用する事はできません。

例えば、MERGE テーブル上でFULLTEXT インデックスを作成する事はできません。
もちろん、基礎となるMyISAM テーブル上に FULLTEXT インデックスを作成する事はできますが、
全文検索で MERGE テーブルを検索する事はできません

MySQL :: MySQL 5.1 リファレンスマニュアル :: 13.6 MERGE ストレージエンジン

そでしたか。